|
Autor/a
Romero Simo, Marc
|
Abstract
En la llet materna els HMO (Human Milk Oligosaccharides) són molt abundants i tenen una gran importància donat que no es troben en cap altre tipus de llet. Tot i no ser capaços de degradar-los , per la falta d´enzims específics, són un component fonamental en l´alimentació dels nounats donat que actuen com a prebiòtics i permeten que en el tracte intestinal dels nadons es desenvolupin microorganismes que aporten grans beneficis, estimulant i protegint el sistema immunitari. Un exemple d´aquests microorganismes es Bifidobacterium Bifidum que utilitza la lacto-N-Biosidasa per degradar els HMO mitjançant una reacció de hidròlisis donant lactosa i lacto-n-biosa.
Actualment hi ha una línia de recerca en aquest sentit orientada a la síntesi d’aquests oligosacàrids per a complementar les fórmules de llet infantil. Per tal de sintetitzar els HMO, utilitzant la lacto-N-Biosidasa com a proteïna i la lactosa com a lligand, es busca potenciar el màxim possible la reacció inversa d´aquesta hidròlisis es a dir la transglicosilació. Per potenciar aquesta reacció que es dona de forma molt escassa en la natura es busquen, gràcies a la bioinformàtica, possibles mutacions en la lacto-N-Biosidasa que fomentin la unió amb la lactosa i per tant augmentin l’eficiència de la transglicosilació.
Per aquest projecte s´ha partit de resultats previs trobats dins el grup de bioquímica per continuar amb la investigació. En primer lloc s´ha fet una anàlisi de clusters per visualitzar les diferents conformacions de la lactosa unida a la lacto-n-Biosidasa.
Posteriorment, mitjançant Bindscan, s´ha explorat una nova conformació de la lactosa en unió amb la lacto-N-Biosidasa amb la mutació W394F fixada, buscant possibles mutants dobles que augmentin l´energia d´unió i fomentin la transglicosilació.
Paral·lelament s´ha implementat a l´algoritme una nova mètrica (Low RMSD range) per tal de evitar considerar resultats falsos positius. En aquest cas només mostra els mutants amb una reducció de l´energia d´afinitat amb un RMSD baix (inferior a 2.5). De la mateixa manera s´ha implementat també una nova manera de visualitzar els resultats de Bindscan mitjançant un gràfic heatmap.
Per últim, utilitzant la nova mètrica i la nova visualització de resultats, s´ha refet la recerca de mutants amb la mutació W394F fixada i donat que els resultats obtinguts no eren del tot satisfactoris, s´ha començat la cerca de mutants partint també del wild type.
|
|
